Tallinna volikogu valimistel kordus 17. oktoobril 1999 sisuliselt sama. Ka siin võitis enim hääli Keskerakond, kuid kolmikliidu parteidel enamust koguda ei õnnestunud. Vett segasid veel kaks vene nimekirja ja kahe mandaadi peale langenud Koonderakond.

1 Eesti Keskerakond 35799 h 23.7 % 21 kohta
2 Erakond Isamaaliit 25915 h 17.2 % 14
3 EVL Rahva Valik (Vene Erakond Eestis, Eestimaa Ühendatud Rahvapartei) 20897 h 13.8 % 9
4 Eesti Reformierakond 19201 h 12.7 % 10
5 KVL Rahva Usaldus 15826 h 10.5 % 4
6 Erakond Mõõdukad 12584 h 8.3 % 4
7 Eesti Koonderakond 7607 h 5.0 % 2
8 KVL Vene Ühine Nimekiri 6802 h 4.5 % 0
9 KVL Linnakodanike Liit 2982 h 2.0 % 0
10 Eesti Kristlik Rahvapartei 2309 h 1.5 % 0
11 Eesti Sotsiaaldemokraatlik Tööpartei 700 h 0.5 % 0
12 Eesti Pensionäride ja Perede Erakond 141 h 0.1 % 0
Üksikkandidaadid 256 h 0.2 % 0
Kehtivaid hääli: 151 019.

Isamaaliidu kandidaat Jüri Mõis sai siiski linnapeaks 5. novembril 1999, juhtides küll sisuliselt vähemusvalitsust, sest vene ühenduste toetuses ei saanud kindel olla ja Savisaare Keskerakond üritas teda kohe algusest peale ametist lahti kangutada. Tekkis lausa piinlik olukord, et Tallinna linnavõim püsis püsti kunagise interliikumise liidri Jevgeni Kogani valimisliidu najal (kuigi Kogan lahkus mõneks ajaks volikogust).

Volikogu esimeheks sai 1999-2001 Rein Voog Reformierakonnast.

2001. aastal nõudsid aga Reformierakond ja Mõõdukad juba Jüri Mõisa lahkumist ja tulemuseks oli Tõnis Paltsi valimine linnapeaks 37 häälega Savisaare 27 vastu 4. juunil 2001.

TÕNIS PALTS
Foto: Karin Kaljuläte

Hõõrumine kestis edasi, ja nüüd juba Reformierakonna Tallinna piirkonna esimehe Urmas Paeti ja linnavolikogu fraktsiooni esimehe Maret Maripuu juhtimisel tõmmati detsembris 2001 ka Paltsil jalad alt, talle avaldati volikogus umbusaldust ja järgnevalt toodi linnapeaks 34 poolthäälega Edgar Savisaar.

Samal, 13. detsembril 2001 valiti 35 häälega linnavolikogu esimeseks naissoost esimeheks Maret Maripuu.

Linnavalitsuste kooseisud:
november 1999 - mai 2001
Linnapea - Jüri Mõis
Abilinnapea - Heiki Kivimaa
Abilinnapea - Ants Leemets
Abilinnapea - Vladimir Masterov
Abilinnapea - Liisa-Ly Pakosta
Abilinnapea - Priit Vilba, lahkus ametist 03.05.2001
Abilinnapea - Ivar Virkus
Abilinnapea - Valentin Strukov, alates 30.11.2000
Abilinnapea - Leivi Šer, alates 04.12.2000

juuni 2001 - detsember 2001
Linnapea - Tõnis Palts
Abilinnapea - Liisa-Ly Pakosta
Abilinnapea - Heiki Kivimaa
Abilinnapea - Ivar Virkus
Abilinnapea - Valentin Strukov
Abilinnapea - Leivi Šer, lahkus ametist 30.11.2001
Abilinnapea - Toivo Ninnas
Abilinnapea - Andres Tsahkna

Maret Maripuu ja Edgar Savisaar
Foto: Priit Simson

detsember 2001- november 2002
Linnapea - Edgar Savisaar
Abilinnapea - Rein Lang
Abilinnapea - Anders Tsahkna
Abilinnapea - Jaan Moks, lahkus ametist 01.11.2002
Abilinnapea - Toivo Ninnas
Abilinnapea - Toomas Vitsut
Abilinnapea - Vladimir Panov

Paeti ja Maripuu juhitud pööre linnavalitsemisel oli teatavasti ka ajendiks, miks Mart Laar seejärel valitsusjuhi ameti maha pani ja 2002. aasta jaanuaris sai peaministriks Siim Kallas, samuti Reformierakonna ja Keskerakonna koalitsiooniga.

Tallinna linnavolikogu saadikud 1999. a valimiste järel (ei sisalda hilisemaid asendusliikmeid):

1 Eesti Keskerakond 21 kohta
Vladimir Panov
Silvi Vrait
Jaak Vihmand
Kalle Mihkels
Helle Kalda
Liina Tõnisson
Ain Allas
Edgar Savisaar
Madis Martinson
Peeter Kreitzberg
Aino Runge
Erika Salumäe
Arved Liivrand
Margarita Tšernogorova
Merike Martinson
Vilja Savisaar
Siiri Oviir
Toivo Tootsen
Vladimir Velman
Ain Seppik
Nelli Privalova

2 Erakond Isamaaliit 14
Trivimi Velliste
Jaan Leppik
Toivo Jürgenson
Venno Laul
Mari-Ann Kelam
Ando Keskküla
Jüri Mõis
Tunne-Väldo Kelam
Matti Tarum
Mart Nutt
Lauri Vahtre
Toomas Tõniste
Matti Päts
Jaana Padrik

4 Eesti Reformierakond 10
Rein Voog
Signe Kivi
Priit Vilba
Kristiina Ojuland
Maret Maripuu
Tiina Mõis
Paul-Eerik Rummo
Toivo Asmer
Uno Mereste
Tarmo Leinatamm

3 EVL Rahva Valik (Vene Erakond Eestis, Eestimaa Ühendatud Rahvapartei) 9
Leonid Tsingisser
Vladimir Afanasjev
Pavel Starostin
Leonid Mihhailov
Nikolai Maspanov
Aleksandr Beloussov
Jevgeni Tomberg
Valentin Strukov
Vladimir Ivanov

5 KVL Rahva Usaldus 4
Sergei Ivanov
Gennadi Ever
Tatjana Vassiljeva
Jevgeni Kogan

6 Erakond Mõõdukad 4
Toomas Hendrik Ilves
Raivo Järvi
Hagi Šein
Mart Meri

7 Eesti Koonderakond 2
Elmar Sepp
Peeter Lepp